鱼油的这些“保健功能”，一般认为来自于其中的欧米伽3多不饱和脂肪酸，具体来说就是通常所说的EPA和DHA。“欧米伽3”是指组成油的脂肪酸分子中一类特定的结构，根据分子水平的生物学研究结果，它在细胞膜中所占的比例跟细胞的生命功能密切相关。
EPA和DHA的分子非常不稳定，在空气中会很容易发生氧化而变质。所以，虽然食品工业中一直致力于把EPA和DHA加到到常规食品，但是目前成功的例子还不多见。所以，胶囊依然是目前补充鱼油最常规的方式。
既然鱼油来自于鱼，提纯的鱼油还不稳定，那么吃鱼不是更直接更有效吗？答案是肯定的。在美国，作为“保健品”的鱼油之所以盛行，主要取决于两方面的原因。一是鱼油胶囊方便便宜。经过加工储存的鱼肉味道很差，而鲜活的鱼又贵又麻烦，吃鱼油比吃鱼要便宜得多，也要方便得多。二是对鱼污染的担心。不管是野生的鱼还是养殖的鱼，不管是淡水的还是深海的，鱼都有被重金属(如汞)污染的危险。一般来说，这些重金属主要沉积在肉中，而鱼油中相对比较少。
从对健康的作用上说，吃鱼要比吃鱼油更好。除了鱼油之外，鱼还提供优质的蛋白以及维生素矿物质等微量元素。而且，其中的饱和脂肪酸很低，这对于心血管健康也是额外的好处。2007年发表了一项对11875人的调查，结果是母亲在怀孕期间每周吃鱼340克以上的孩子，在后来的生理和智力各方面，都要优于母亲吃鱼少的那些孩子。而2009年发表的另一项研究则比较了鱼和鱼油对怀孕的影响。怀孕妇女被分成四组，对照组不补充DHA，第二组每天补充300毫克，第三组每天吃600毫克，第四组则通过每周吃两次鱼或者其他高DHA的食品以实现平均每天获得300毫克DHA。这项研究用妊娠天数来衡量怀孕质量，结果是：与对照组相比，第三组孕妇的平均妊娠天数要多4天，而第四组则要多4.5天。也就是说，鱼或者其他食品中的300毫克DHA，作用与鱼油中的600毫克DHA相当。
