西进的质疑
尽管每次事件过后，相关部门都给出了相应澄清，但这并不能掩盖联邦制药本身存在的问题。
原料药生产西进就是其中一个。
制药行业是重污染行业，据有关统计，制药工业占全国工业总产值不到1.7%，而污水排放量却占到2%。
尽管联邦制药将许多核心生产都放在珠海，但由于珠海的生产成本和人力成本逐年增加，以及珠海对于环保的要求，所以珠海公司所负担的主要生产是“制剂”，而原料药生产基地则被设立在西部。
联邦制药位于内蒙古巴彦淖尔市的分公司于2007年投运，主产该公司核心产品阿莫西林胶囊的重要中间体6-APA，设计年产能近万吨。
由于相关环保设施配套不完善，公司排出的废气废水一直在影响城区及周边的环境。早在2008年，就有当地群众举报联邦制药，当年，临河区政府还下发了《关于对联邦制药(内蒙古)有限公司恶臭气体进行限期治理的决定》，责令其停产治理。
特别是中国八大淡水湖之一乌梁素海(位于内蒙古巴彦淖尔市乌拉特前旗)，曾经有“塞外明珠”的美誉，如今乌梁素海的水不仅不能饮用、浇地，甚至不能接触皮肤。而这种情况与联邦制药(内蒙古)有限公司等企业违规排放未经处理的工业污水脱离不开关系。
尽管联邦制药称，环保系统一年运行成本近亿元人民币，但问题始终没有得到根本解决。
“随着国内环保要求的越来越严，原料药产业的环保成本也越来越高，过去几年原料药生产的环保成本占到制造成本的1/7，现在这个比例已经提高到1/5。”国家环保部制药废水污染控制工程技术中心高级工程师、《制药工业水污染物排放标准》主要起草人之一任立人称。
此外，联邦制药在四川的企业也被爆出严重污染环境。
